Może się komuś przyda (ponieważ google pokazuje jako pierwszy ten temat po wpisaniu 'lg problem mkv')
Mi nie pomagały muxy starymi wersjami mkvtoolnixa.
Na najnowszej wersji (4.9.1) wszystkie zaczęły działać po zmuksowaniu z zaznaczoną opcją
File --> Options --> mmg --> Disable header removal...