BartGT, nie wiem czy już się uporałeś z przesunięciem napisów ale napisze jakby ktoś potrzebował:
Jeśli używasz tylko MEncoder to spróbuj odznaczyć "inne metody synchronizacji A/V".
Jeśli używasz TsMuxer to spróbuj w TsMuxer odznaczyć "wymuś ilość klatek..."
Możesz też spróbować go wyłączyć...