Witaj!
Rozwiązaniem Twojego problemu jest 'tryb multipleksowania : header stripping'.
Część kontenerów MKV posiada nagłówki (m h-s), ale nie będziemy się wgłębiać.
Rozwiązanie:
1. Zainstaluj: mkvmerge GUI;
2. Dodaj film, który nie działa;
3. PLIK -> USTAWIENIA -> "wyłącz kompresje nagłówka dla...